La UNRN pudo haber sido creada en la gestión de Alfonsín, cuando el ex presidente quiso traer la capital del país a Viedma. ​
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Tras ese intento trunco, el proyecto fue presentado en 2007 por el senador Miguel Pichetto. A fines de aquel año la iniciativa fue aprobada por amplia mayoría en la Cámara de Diputados. Allí contó con el voto favorable de los legisladores nacionales rionegrinos de todos los partidos políticos con representación parlamentaria. ​
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La Ley 26.330, de creación de la UNRN fue promulgada el 19 de diciembre de 2007 Cristina Kirchner.​



La particularidad que tiene esta Universidad es que su creación fue determinada sin contar con edificio propio. Por esta razón, salvo en la zona atlántica, en las otras sedes los estudiantes han ido rotando en distintos lugares para tener clases.​

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La cantidad de estudiantes de la Universidad asciende a 6000, y cuenta con 54 carreras (de grado y posgrado) distribuidas en las sedes de: El Bolsón, Bariloche, Cipolletti, Allen, Gral Roca, Villa Regina, Choele Choel, Río Colorado, Viedma y San Antonio Oeste.